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Background: Two acute respiratory distress syndrome (ARDS) subphenotypes (hyperinflammatory and hypoinflammatory) with distinct clinical and biological features and differential treatment responses have been identified using latent class analysis (LCA) in seven individual cohorts. To facilitate bedside identification of subphenotypes, clinical classifier models using readily available clinical variables have been described in four randomised controlled trials. We aimed to assess the performance of these models in observational cohorts of ARDS. Methods: In this observational, multicohort, retrospective study, we validated two machine-learning clinical classifier models for assigning ARDS subphenotypes in two observational cohorts of patients with ARDS: Early Assessment of Renal and Lung Injury (EARLI; n=335) and Validating Acute Lung Injury Markers for Diagnosis (VALID; n=452), with LCA-derived subphenotypes as the gold standard. The primary model comprised only vital signs and laboratory variables, and the secondary model comprised all predictors in the primary model, with the addition of ventilatory variables and demographics. Model performance was assessed by calculating the area under the receiver operating characteristic curve (AUC) and calibration plots, and assigning subphenotypes using a probability cutoff value of 0·5 to determine sensitivity, specificity, and accuracy of the assignments. We also assessed the performance of the primary model in EARLI using data automatically extracted from an electronic health record (EHR; EHR-derived EARLI cohort). In Large Observational Study to Understand the Global Impact of Severe Acute Respiratory Failure (LUNG SAFE; n=2813), a multinational, observational ARDS cohort, we applied a custom classifier model (with fewer variables than the primary model) to determine the prognostic value of the subphenotypes and tested their interaction with the positive end-expiratory pressure (PEEP) strategy, with 90-day mortality as the dependent variable. Findings: The primary clinical classifier model had an area under receiver operating characteristic curve (AUC) of 0·92 (95% CI 0·90–0·95) in EARLI and 0·88 (0·84–0·91) in VALID. Performance of the primary model was similar when using exclusively EHR-derived predictors compared with manually curated predictors (AUC=0·88 [95% CI 0·81–0·94] vs 0·92 [0·88–0·97]). In LUNG SAFE, 90-day mortality was higher in patients assigned the hyperinflammatory subphenotype than in those with the hypoinflammatory phenotype (414 [57%] of 725 vs 694 [33%] of 2088; p<0·0001). There was a significant treatment interaction with PEEP strategy and ARDS subphenotype (p=0·041), with lower 90-day mortality in the high PEEP group of patients with the hyperinflammatory subphenotype (hyperinflammatory subphenotype: 169 [54%] of 313 patients in the high PEEP group vs 127 [62%] of 205 patients in the low PEEP group; hypoinflammatory subphenotype: 231 [34%] of 675 patients in the high PEEP group vs 233 [32%] of 734 patients in the low PEEP group). Interpretation: Classifier models using clinical variables alone can accurately assign ARDS subphenotypes in observational cohorts. Application of these models can provide valuable prognostic information and could inform management strategies for personalised treatment, including application of PEEP, once prospectively validated. Funding: US National Institutes of Health and European Society of Intensive Care Medicine.
Validation and utility of ARDS subphenotypes identified by machine-learning models using clinical data: an observational, multicohort, retrospective analysis
Maddali M. V.;Churpek M.;Pham T.;Rezoagli E.;Zhuo H.;Zhao W.;He J.;Delucchi K. L.;Wang C.;Wickersham N.;McNeil J. B.;Jauregui A.;Ke S.;Vessel K.;Gomez A.;Hendrickson C. M.;Kangelaris K. N.;Sarma A.;Leligdowicz A.;Liu K. D.;Matthay M. A.;Ware L. B.;Laffey J. G.;Bellani G.;Calfee C. S.;Sinha P.;Rios F.;Van Haren F.;Sottiaux T.;Lora F. S.;Azevedo L. C.;Depuydt P.;Fan E.;Bugedo G.;Qiu H.;Gonzalez M.;Silesky J.;Cerny V.;Nielsen J.;Jibaja M.;Pham T.;Wrigge H.;Matamis D.;Ranero J. L.;Hashemian S. M.;Amin P.;Clarkson K.;Kurahashi K.;Villagomez A.;Zeggwagh A. A.;Heunks L. M.;Laake J. H.;Palo J. E.;do Vale Fernandes A.;Sandesc D.;Arabi Y.;Bumbasierevic V.;Nin N.;Lorente J. A.;Larsson A.;Piquilloud L.;Abroug F.;McAuley D. F.;McNamee L.;Hurtado J.;Bajwa E.;Dempaire G.;Francois G. M.;Sula H.;Nunci L.;Cani A.;Zazu A.;Dellera C.;Insaurralde C. S.;Alejandro R. V.;Daldin J.;Vinzio M.;Fernandez R. O.;Cardonnet L. P.;Bettini L. R.;Bisso M. C.;Osman E. M.;Setten M. 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M.;Beitler J. R.;Mukkera S. R.;Kulkarni S.;Lee J.;Mesar T.;Shinn Iii J. O.;Gomaa D.;Tainter C.;Cowley R. A.;Yeatts D. J.;Warren J.;Lanspa M. J.;Miller R. R.;Grissom C. K.;Brown S. M.;Bauer P. R.;Gosselin R. J.;Kitch B. T.;Cohen J. E.;Beegle S. H.;Gueret R. M.;Tulaimat A.;Choudry S.;Stigler W.;Batra H.;Huff N. G.;Lamb K. D.;Oetting T. W.;Mohr N. M.;Judy C.;Saito S.;Kheir F. M.;Schlichting A. B.;Delsing A.;Elmasri M.;Crouch D. R.;Ismail D.;Blakeman T. C.;Dreyer K. R.;Baron R. M.;Grijalba C. Q.;Hou P. C.;Seethala R.;Aisiku I.;Henderson G.;Frendl G.;Hou S. -K.;Owens R. L.;Schomer A.;Bumbasirevic V.;Jovanovic B.;Surbatovic M.;Veljovic M.
2022
Abstract
Background: Two acute respiratory distress syndrome (ARDS) subphenotypes (hyperinflammatory and hypoinflammatory) with distinct clinical and biological features and differential treatment responses have been identified using latent class analysis (LCA) in seven individual cohorts. To facilitate bedside identification of subphenotypes, clinical classifier models using readily available clinical variables have been described in four randomised controlled trials. We aimed to assess the performance of these models in observational cohorts of ARDS. Methods: In this observational, multicohort, retrospective study, we validated two machine-learning clinical classifier models for assigning ARDS subphenotypes in two observational cohorts of patients with ARDS: Early Assessment of Renal and Lung Injury (EARLI; n=335) and Validating Acute Lung Injury Markers for Diagnosis (VALID; n=452), with LCA-derived subphenotypes as the gold standard. The primary model comprised only vital signs and laboratory variables, and the secondary model comprised all predictors in the primary model, with the addition of ventilatory variables and demographics. Model performance was assessed by calculating the area under the receiver operating characteristic curve (AUC) and calibration plots, and assigning subphenotypes using a probability cutoff value of 0·5 to determine sensitivity, specificity, and accuracy of the assignments. We also assessed the performance of the primary model in EARLI using data automatically extracted from an electronic health record (EHR; EHR-derived EARLI cohort). In Large Observational Study to Understand the Global Impact of Severe Acute Respiratory Failure (LUNG SAFE; n=2813), a multinational, observational ARDS cohort, we applied a custom classifier model (with fewer variables than the primary model) to determine the prognostic value of the subphenotypes and tested their interaction with the positive end-expiratory pressure (PEEP) strategy, with 90-day mortality as the dependent variable. Findings: The primary clinical classifier model had an area under receiver operating characteristic curve (AUC) of 0·92 (95% CI 0·90–0·95) in EARLI and 0·88 (0·84–0·91) in VALID. Performance of the primary model was similar when using exclusively EHR-derived predictors compared with manually curated predictors (AUC=0·88 [95% CI 0·81–0·94] vs 0·92 [0·88–0·97]). In LUNG SAFE, 90-day mortality was higher in patients assigned the hyperinflammatory subphenotype than in those with the hypoinflammatory phenotype (414 [57%] of 725 vs 694 [33%] of 2088; p<0·0001). There was a significant treatment interaction with PEEP strategy and ARDS subphenotype (p=0·041), with lower 90-day mortality in the high PEEP group of patients with the hyperinflammatory subphenotype (hyperinflammatory subphenotype: 169 [54%] of 313 patients in the high PEEP group vs 127 [62%] of 205 patients in the low PEEP group; hypoinflammatory subphenotype: 231 [34%] of 675 patients in the high PEEP group vs 233 [32%] of 734 patients in the low PEEP group). Interpretation: Classifier models using clinical variables alone can accurately assign ARDS subphenotypes in observational cohorts. Application of these models can provide valuable prognostic information and could inform management strategies for personalised treatment, including application of PEEP, once prospectively validated. Funding: US National Institutes of Health and European Society of Intensive Care Medicine.
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Il report seguente simula gli indicatori relativi alla propria produzione scientifica in relazione alle soglie ASN 2023-2025 del proprio SC/SSD. Si ricorda che il superamento dei valori soglia (almeno 2 su 3) è requisito necessario ma non sufficiente al conseguimento dell'abilitazione. La simulazione si basa sui dati IRIS e sugli indicatori bibliometrici alla data indicata e non tiene conto di eventuali periodi di congedo obbligatorio, che in sede di domanda ASN danno diritto a incrementi percentuali dei valori. La simulazione può differire dall'esito di un’eventuale domanda ASN sia per errori di catalogazione e/o dati mancanti in IRIS, sia per la variabilità dei dati bibliometrici nel tempo. Si consideri che Anvur calcola i valori degli indicatori all'ultima data utile per la presentazione delle domande.
La presente simulazione è stata realizzata sulla base delle specifiche raccolte sul tavolo ER del Focus Group IRIS coordinato dall’Università di Modena e Reggio Emilia e delle regole riportate nel DM 589/2018 e allegata Tabella A. Cineca, l’Università di Modena e Reggio Emilia e il Focus Group IRIS non si assumono alcuna responsabilità in merito all’uso che il diretto interessato o terzi faranno della simulazione. Si specifica inoltre che la simulazione contiene calcoli effettuati con dati e algoritmi di pubblico dominio e deve quindi essere considerata come un mero ausilio al calcolo svolgibile manualmente o con strumenti equivalenti.
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